Parabricks - это программный комплекс для вторичного анализа данных секвенирования ДНК следующего поколения.
2020: Открытие бесплатного доступа к Nvidia Parabricks
19 марта 2020 года компания NVIDIA сообщила о начале предоставления бесплатной 90-дневной лицензии на Parabricks всем исследователям коронавируса. ПО Parabricks основано на популярном наборе инструментов Genome Analysis и работает на базе GPU, ускоряя анализ данных в секвенциях до 50 раз. NVIDIA следит за ситуацией, и мы будем готовы продлевать доступ по мере необходимости.
Если у пользователя есть доступ к графическим процессорам NVIDIA, следует заполнить форму, чтобы получить лицензию на Parabricks.
Для исследователей, работающих с секвенированием с длительным считыванием Oxford Nanopore, на GitHub доступен репозитарий инструментов, ускоряемых на GPU. Ускорение на графических процессорах NVIDIA также поддерживают такие приложения, как Medaka, Racon, Raven, Reticulatus, Unicycler.
Исследователи секвенируют как геном коронавируса, так и геномы людей, заболевших COVID-19, чтобы понять, как распространяется болезнь и кого она затрагивает в первую очередь. Однако анализ последовательностей геномов занимает много времени и требует существенных вычислительных ресурсов.Цифровизация ТЭК: тренды, перспективы, крупнейшие ИТ-поставщики. Обзор TAdviser 14.8 т
Ускорение научных исследований уже давно является одной из приоритетных задач NVIDIA. Команда Parabricks вошла в состав NVIDIA в декабре 2019, дополнив существующий инструментарий NVIDIA инструментами в области секвенирования генома. Инструменты Parabriks помогают сократить время определения вариантов генома человека от дней до часа всего на одном сервере.
Учитывая беспрецедентную скорость развития пандемии, такое быстрое получение результатов может помочь быстрее понять эволюцию вируса, чтобы быстрее создать эффективные вакцины.
NVIDIA приглашает партнеров присоединиться к помощи исследователям. По состоянию на март 2020 года компания обсуждает возможность предоставления вычислительных ресурсов и доступа к Parabricks на платформах провайдеров облачных сервисов и суперкомпьютерных центров.
Компания будет добавлять ссылки на партнеров, предоставляющих доступ к облачным серверам на базе GPU NVIDIA и данному ПО, по мере получения информации.