Основная цель деятельности Института - исследование актуальных проблем государственного финансового контроля, координация и выполнение научно-исследовательских и опытно-конструкторских работ, связанных с разработкой и внедрением новых методов и технологий контрольно-ревизионной и экспертно-аналитической деятельности Счетной палаты.